Günümüzde Sultan I. Mustafa ve Sultan İbrahim Türbesi olarak kullanılan yapı Ayasofya’nın güney batı yönünde en önemli ek yapılarından biri olan, vaftizhane kısmıdır. Yapı dıştan 4 köşe, içten ise sekizgen planlı olup, üstü kasnaksız kubbe ile örtülüdür. Fetihten sonra Ayasofya’nın kandil yağları deposu olarak kullanılmış, daha sonra Sultan I. Mustafa’nın 1639’da aniden ölmesiyle türbeye çevrilmiş, 1648 yılında vefat eden Sultan İbrahim de buraya defnedilmiştir. Türbe içersinde Sultan I. Mustafa, Sultan İbrahim, Sultan I. Ahmed’in kızları, Sultan IV. Murad’ın kızı Kaya Sultan, Sultan II. Ahmed’in şehzadeleri, kızları ile bazı hanedan mensupları gömülü olup, toplam 19 sanduka bulunmaktadır.
