Sultan III. Murad Türbesi, 1599 yılında Mimar Davud Ağa ve yardımcısı Dalgıç Ahmet Ağa tarafından, III. Murad’ın 1595 yılında ölmesinden 4 yıl sonra, II. Selim ve Şehzadeler Türbesi arasına inşa edilmiştir.
III. Murad Türbesi, altıgen planlı, çift kubbeli, dıştan mermer kaplı ve ön tarafta revaklı bir bölümü bulunan en büyük Osmanlı türbelerinden biridir. Türbe, dıştan sade görünümlü, içte ise 16. yüzyıla tarihlenen mercan kırmızısı renkteki İznik çinilerinin en güzel örnekleri ve kalem işi süslemeleriyle zengin bir görünüme sahiptir. İçte lacivert zemin üzerine beyaz renkle yazılmış celi sülüs çini kuşağı bulunmaktadır.
Türbe içersinde pencereler üç sıra hâlinde yapılmıştır, alt sırada kapaklı pencere aralarına ahşap kündekâri dolaplar yerleştirilmiştir. Türbenin kündekâri tarzındaki giriş kapısı, geometrik şekilli sedef kakmalarla süslüdür. Ayrıca, kapının sağ kanadında “Herkes ölümü tadacaktır”, sol kanadında ise “O’na döndürüleceksiniz” ile Dalgıç Ahmed Ağa yazılıdır. Türbe içersinde, Sultan III. Murad, eşi Safiye Sultan, kızları, saray mensubu kadınlar ile Şehzadelere ait 54 sanduka bulunmaktadır.